因使用种子发生质量纠纷的，根据《种子法》的规定，可以通过下面四种不同的途径加以解决。

第一种是协商。双方当事人可以通过相互协商，互谅互让自行和解解决纠纷。协商是解决各种民事纠纷的最常用的方法，可以减少当事人为解决纠纷所消耗的精力和费用，节约时间，有利于化解矛盾，防止损害的扩大。

第二种是调解。当事人不愿意通过协商解决，或者协商不成的，可以由农业行政主管部门等有关机关作为中间人，依照国家的法律法规和其他有关规定，公正地进行调解，促成当事人双方互谅互让，解决纠纷。

第三种是仲裁。用种纠纷发生后，双方当事人可以依据纠纷发生之前或者纠纷发生以后所达成的书面仲裁协议，自愿向法律规定所设置的仲裁机构申请仲裁。

第四种是起诉，当事人就用种纠纷向人民法院提起诉讼。